自身特性使巴旦木碎便于儲存且不易變質，相對而言，如果加工得當，巴旦木碎能擁有較長的保質期，這都得益于其自身的物理和化學特性。巴旦木碎的含水量低于6%，在這種環境下，細菌和霉菌難以生存和繁殖。巴旦木碎富含天然的抗氧化劑——維生素E，一盎司（約30克）巴旦木中含有7.4毫克VE，有助于延緩油脂氧化。巴旦木碎富含有利于健康的不飽和脂肪酸（每30克巴旦木中含有13克不飽和脂肪酸），而其中占多數的是更為穩定的單不飽和脂肪酸，相比于多不飽和脂肪酸，更不容易氧化。

與其他堅果相比，巴旦木碎仁的細胞結構較為緊密，空隙更少，因此更不容易因為接觸空氣而導致氧化。通常而言，巴旦木碎的質量和保質期受三大因素影響：產品特性、配送及倉儲環境、產品包裝。例如，加工會影響美國巴旦木碎的保質期。通常切削（切丁、切條、切片、磨粉）和去皮加工會增加表面的暴露面積，加速氧化反應從而縮短保質期。

為了保證巴旦木碎的質量，更重要的是要控制好貯存條件，尤其是溫度和濕度。以下是一些巴旦木碎貯存建議：

存放于涼爽及干燥處（溫度10℃，相對濕度65%）

使巴旦木碎的產品水分保持或低于6%

烘烤后的巴旦木碎更易氧化和酸敗，因此不建議將烘烤巴旦木碎直接放進倉庫貯存，而應立即進行氧氣阻隔性包裝

烘烤產品應避免接觸氧氣。貯藏罐、可重復封口的塑料袋、氮氣或真空包裝都是不錯的選擇

避免暴露于濃烈氣味中，因為長時間接觸，巴旦木碎會吸收其他物質的氣味

防止昆蟲和害蟲滋生

避免陽光直射

輪換存貨以延長保質期